工厂办理土地使用权证的材料有：市国土资源部门出具的土地权利证书；属地镇街规划建设办或市建设工程质量监督站出具的《质量监督情况说明》，或者市建设局出具的《房屋安全鉴定报告》备案凭证；市建设局出具的《建设工程施工许可证》、《房屋建筑工程和市政基础设施竣工验收备案证书》，或《东莞市房屋安全检查证书》；市城建规划局出具的《建设用地规划许可证》；市城建规划局出具的《建设工程规划许可证》；消防部门出具的《消防审核意见书》；消防部门出具的《工程竣工消防验收意见书》，或《责令限期改正意见书》和《复查合格意见书》。

一、具体情况

1、办理工厂厂房需要的要件：登记申请书、企业营业执照、土地使用权证(用地批复等)、建设工程规划许可证、建设工程施工许可证、工程已竣工证明等。也就是按照土地、规划、施工、竣工这个流程提供登记材料。

2、办理机关：厂房所在地的房屋登记机构

3、收取的费用：因为是非住宅，登记费550元，可能还有测绘费用，具体看地方制定的标准；

4、办理的流程：企业应当需要提交前述的要件，登记机关要进行现场的实地查看后，受理-审核-记载于登记簿-发《房屋所有权证》

上述为城市规划区内国有土地上的厂房办理房屋所有权初始登记的内容。

5、办结时限：各地情况不一，但是不应该长过30个工作日。

对于工厂根据自己的生产经营实际需要办理土地使用权证的，可以结合实际情况来对土地使用情况进行认定，并基于实际的违法行为来进行处理，但相关情况的处理，应当基于当地政府出台的相关政策和规定来进行处理，避免法律适用错误。