为保障全国ETC联网工作的推行，交通运输部成立由分管部领导牵头的领导小组，负责指导全国ETC联网工作;各省(区、市)交通运输主管部门成立由主要领导牵头的领导小组。联网工作将分为四个阶段实施：

第一阶段

2014年6月底前，由交通运输部路网监测与应急处置中心(简称部路网中心)会同各省级交通运输主管部门及相关单位成立管委会。由部路网中心牵头制定完成全国ETC联网技术实施方案。启动全国ETC联网结算中心系统建设。各省(区、市)制定完成本地实施方案。

第二阶段

2014年12月底前，北京、天津、河北、山西、辽宁、上海、江苏、浙江、安徽、江西、福建、山东、陕西ETC联网开通。全国ETC门户网站开通运行。

第三阶段

2015年9月底前，尚未实现ETC联网的其他省(区、市)联网开通。

第四阶段

2015年12月底前，制定全国ETC联网运营与服务评价体系，对全国ETC联网实施工作进行总结评估，制定下一阶段ETC发展规划。