一、标准的不同

我国的绿色食品标准是由中国绿色食品发展中心组织制定的统一标准，其标准分为9级和ａａ级。ａ级的标准是参照发达国家食品卫生标准和联合国食品法典委员会（ｃａｃ）的标准制定的，ａａ级的标准是根据国际有机农业运动联合会（ｉｆｏａｍ）有机产品的基本原则，参照有关国家有机食品认证机构的标准，再结合我国的实际情况而制定的。

无公害食品在我国是指产地环境、生产过程和最终产品符合无公害食品的标准和规范。这类产品中允许限量、限品种、限时间地使用人工合成的化学农药、兽药、鱼药、肥料、饲料添加剂等。

二、标识不同

绿色食品的标识在我国是统一的，也是唯一的，它是由中国绿色食品发展中心在国家工商局注册的质量认证商标。中国绿色食品的表示由三个部分组成，即上方是太阳，下方是叶片，中心是蓓蕾，正圆形，意为保护。

无公害食品的表示在我国有关认证机构不同而不同，山东、湖南、黑龙江、天津、广东、江苏、湖北等省先后制定了各自己的无公害农产品标识。其中湖北省绿色食品感觉办公室拥有的无公害食品标识已在国家工商局注册。

三、级别不同

绿色食品分为ａ级和ａａ级两个级别。ａ级绿色食品要求产地环境质量评价项目的综合污染指数不超过1，在生产加工过程中，允许限量，限品种、限时间的使用安全的人工合成农药、兽药、鱼药、肥料、饲料及食品添加剂。ａａ级绿色食品要求产地环境质量评价项目的单项污染指数不得超过1，生产过程中不得使用任何人工合成的化学物质，且产品需要3年的过渡期。

无公害食品不分级，在生产过程中允许限品种，限数量、限时间地使用安全的人工合成化学物质。

四、认证机构不同

在我国，绿色食品的认证机构是唯一的，即追究绿色食品发展中心，该中心负责全国绿色食品发展中心，该中心负责全国绿色食品的统一认证和最终审批。

无公害食品的认证机构较多，目前有许多省、市地区的农业主管部门都进行了无公海食品的认证工作，但只有在国家工商局正式注册标识商标或颁布了省级法规的前提下，其认证才有法律效应。

五、认证方法不同

在我国，ａａ级绿色食品的认证实行检察员制度，在认证方法上是以实地检查认证为主，检测认证为辅。ａ级绿色食品和无公害食品的认证是以检查认证和检测认证并重的原则，同时强调从土地到餐桌的全程质量控制，在环境技术调整的评价方法上，采用了调查评价与检测认证相结合的方式。