在公司进行改制的时候，也可以通过法院来进行办理。

因为这也属于法院受理的范围。因企业改制引发的纠纷，只要实质上符合法院受理民事案件的条件，形式上符合《民事诉讼法》第一百零八条的规定，人民法院都应当依法受理。

但是对于那些改制过程中，政府及有关主管部门等起决定性因素，并非企业和职工之间基于平等民事主体关系发生的纠纷，人民法院还是不宜作为民事案件受理。

公司改制后的劳动关系还存在吗

1、公司进行改制的，不影响劳动合同的履行，所以公司改制后，公司和劳动者仍然存在劳动关系。

2、法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》

（1）第二十九条【劳动合同的履行】用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。

（2）第三十三条【用人单位名称、法定代表人等的变更】用人单位变更名称、法定代表人、主要负责人或者投资人等事项，不影响劳动合同的履行。

（3）第三十四条【用人单位合并或者分立】用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。

根据《最高人民法院劳动争议司法解释（三）》第二条规定，因企业自主进行改制引发的争议，人民法院应予受理。