企业补充医疗保险是企业在参加基本医疗保险的基础上，国家给予政策鼓励，由企业自主举办或参加的一种补充性医疗保险形式。国家财政部、劳动保障部联合下发《关于企业补充医疗保险有关问题的通知》(财社〔2002〕18号)对相关政策给予了明确，该文件第一条明确按规定参加各项社会保险并按时足额缴纳社会保险费的企业，可自主决定是否建立补充医疗保险。这里明确了哪些企业有参保资格，是否必须参保。第三条规定企业补充医疗保险资金由企业或行业集中使用和管理，单独建账，单独管理，用于本企业个人负担较重职工和退休人员的医药费补助，不得划入基本医疗保险个人账户，也不得另行建立个人账户或变相用于职工其他方面的开支。这里明确了该基金是由企业或行业集中使用和管理，并要求单独设立账户，单独管理，不过在实务中还要看地方上是否出台了实施办法。大部分地区都是要求企业自主管理或者委托保险公司管理，但也有部分地区要求统一上交，统一管理。

企业所得税前扣除规定

《关于补充养老保险费、补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》(财税〔2009〕27号)规定，自2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除;超过的部分，不予扣除。

该文件规定了是为全体员工支付的，引申意思就是给部分员工支付的补充医疗保险费不允许在企业所得税前扣除。