补充协议与原合同冲突时，在一般情形下，以补充协议为准。根据2021年生效的《民法典》第五百零九条的规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。当事人应当遵循诚信原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。当事人在履行合同过程中，应当避免浪费资源、污染环境和破坏生态。第五百一十条规定，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。

补充协议与主合同的效力

（一）主合同与补充协议

主合同与补充协议一般不会同时产生，会有时间差，主合同成立时间在前，补充合同成立时间在后，这是补充合同产生的时间规律。

补充协议是主合同的从属合同，补充合同依附于主合同而成立，没有主合同，就不会产生补充合同，这是主合同与补充合同的基本关系。

主合同因为有了补充协议，所以使得主合同原意更准确、更完善、更具有可操作性。

补充协议的编号往往是以主合同为依托而表达的，如＿＿号合同补1、补2，这是强调二者主从关系的实质体现。

因为有了补充协议这种特殊形式，能够保证双方履约顺利，合同纠纷减少。

（二）补充协议的效力

当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。

时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。

如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。

（三）补充协议与合同变更

补充协议对主合同补充太多的新约定，则该补充合同就难以称之为补充合同了。

补充协议对主合同修改得太多，超过了适当的量，或补充协议对主合同的实质要件进行了较大的补充修改。

比如对价格条款，技术标准，履约期限等约定进行了不利于其中一方的修改，这也不能称之为补充协议。

这些补充和修改已经符合合同变更的要求，应该称之为合同变更。

《中华人民共和国民法典》第五百零九条当事人应当按照约定全面履行自己的义务。当事人应当遵循诚信原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。当事人在履行合同过程中，应当避免浪费资源、污染环境和破坏生态。《中华人民共和国民法典》第五百一十条合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。