一、法院对管辖异议审查后确定有管辖权如何处理

1、法院对管辖异议审查后，按以下情形算是：

(1)确定有管辖权的，不因当事人提起反诉、增加或者变更诉讼请求等改变管辖，但违反级别管辖、专属管辖规定的除外。

(2)人民法院发回重审或者按第一审程序再审的案件，当事人提出管辖异议的，人民法院不予审查。

2、法律依据：《最高人民法院关于适用的解释》

第三十九条人民法院对管辖异议审查后确定有管辖权的，不因当事人提起反诉、增加或者变更诉讼请求等改变管辖，但违反级别管辖、专属管辖规定的除外。

人民法院发回重审或者按第一审程序再审的案件，当事人提出管辖异议的，人民法院不予审查。

二、什么时候提出管辖权异议

管辖权异议的时间，必须在法院受理案件之后，并且在提交答辩状期间提出，否则异议无效。超过法定期间，人民法院不再受理。

当事人在此期间提出异议后又要求撤回的，法院应予允许。在案件审理过程中，出现有独立请求权的第三人或追加了案件当事人，他们的管辖异议权不受“提交答辩状期间”的限制。适用简易程序审理的案件，原告可以口头起诉，被告因未收到起诉状，不能书写答辩状，因此管辖异议不受答辩期间的限制。

适用特别程序审理的案件，因不存在争议的双方，所以，不存在“提交答辩状期间”，管辖权异议也不受限制。无独立请求权的第三人，在人民法院裁定其承担民事责任的情况下，如对一审管辖权有异议，在二审期间可以根据民事诉讼法的规定对管辖权提出异议，这种异议不应受“提交答辩状期间”的限制。