申请流程是，一般为专利申请、专利受理、专利审查、专利授权到发证。申请专利可以通过国家知识产权局下载有关专利申请的文件进一步填写上交，假如通过专利代理机构的形式申请专利的话那么直接让代理机构一站式办理就可以了，不过需要注意订立号保密文件，给有资质的专利代理机构办理。

法律依据：

1、《专利法实施细则》第8条规定：“发明专利申请涉及国防方面的国家秘密需要保密的，由国防专利机构受理；国务院专利行政部门受理的涉及国防方面的国家秘密需要保密的发明专利申请，应当移交国防专利机构审查，由国务院专利行政部门根据国防专利机构的审查意见作出决定。”另外，绝密级涉及国防利益的发明不得申请国防专利。

2、根据《国防专利条例》的规定，国防科学技术工业委员会设立国防专利局，统一受理和审理国防专利申请。所以，涉及国防的发明创造申请国防专利权时，可以直接向国防专利局提交请求书、说明书及其摘要、权利要求书等文件。值得注意的是，申请人应当按照国防专利局规定的要求和同一格式撰写申请文件，并亲自送交或者经过机要通信以及其他保密方式传叫国防机构，不得按普通函件邮寄。国防专利局收到国防专利申请文件之日起为申请日。

如果申请人将涉及国防利益的发明创造以普通发明专利向国家知识产权局专利局提交专利申请，且被专利局受理的，专利局经审查认为涉及国防方面的国家秘密需要保密的发明专利申请，应当移交国防专利局审查。

另外，国防专利局定期派人到专利局查看普通专利申请，发现其中有涉及国防利益或者对国防建设有潜在作用需要保密的，在取得专利局同意后抽出转为国防专利申请，并通知申请人。

一、国防专利申请费用怎么减缓？

根据国防专利局第一号通告的规定，缴纳国防专利费用确有困难的，可以请求国防专利局减缓申请审查费、实质审查复审费及年费等三种费用，其它费用不予减缓。在提出国防专利申请的同时，可以一并请求减缓上述三种费用。

提出国防专利申请之后，则只能请求减缓除申请审查费外尚未到期的费用，但该请求最迟应当在有关费用期限届满前两个月提出。请求费用减缓的，应当提交费用减缓请求书。个人应填写年收入，多个申请人时填明每个人的年收入，单位请求减缓的，应当写明理由，并附具上级行政主管部门的证明。