补充协议和原合同是否会发生冲突，由具体情况来决定。补充协议是对原合同的补充或变更，一般要作出明确的约定。补充协议条款和原合同不一致或冲突时，以补充协议为准。签订完合同后，需要补充内容的，可拟定合同补充协议。合同补充协议的拟定要注意：1、要有双方全面的基本信息；2、阐述拟定补充协议的原因；3、协议补充的内容或变更的内容。

合同与补充协议的区别

合同和补充协议的区别是：已经存在的合同是主合同，补充协议是从合同。补充协议的内容应当是主合同的非主要内容，也可以说是非主要条款。如果是主合同的主要条款没有约定或者约定不明确的，主合同不成立，也就不存在“协议补充”。《中华人民共和国民法典》第五百一十条规定，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。第四百六十四条规定，合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。婚姻、收养、监护等有关身份关系的协议，适用有关该身份关系的法律规定；没有规定的，可以根据其性质参照适用本编规定。

《中华人民共和国民法典》第五百一十条合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同有关条款或者交易习惯确定。