1.违法加建部分房屋不能确权。

2.在合法的房屋是违法加建的，合法的房屋本身就有合法的土地使用权，所以不需要土地确权。

3.法律依据：《中华人民共和国民法典》

第二百一十一条【不动产登记申请资料】当事人申请登记，应当根据不同登记事项提供权属证明和不动产界址、面积等必要材料。

《不动产登记暂行条例实施细则》

第三十五条申请国有建设用地使用权及房屋所有权首次登记的，应当提交下列材料：

(一)不动产权属证书或者土地权属来源材料；

(二)建设工程符合规划的材料；

(三)房屋已经竣工的材料；

(四)房地产调查或者测绘报告；

(五)相关税费缴纳凭证；

(六)其他必要材料。

一、农村违法建筑怎么认定

农村违法建筑是指没有依法取得建设规划许可证、建设工程规划许可证，在农村土地上擅自动工建设的建筑物。定义好下，界定当然也不难，具体有以下3种表现形式。

(1)农用地上的违法建筑。农用地是禁止用于非农业建设的，《土地管理法》规定：“禁止占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等。”如果要在农用地上搞建设，必须依法把农用地转为建设用地，没有转用手续而擅自在建设，那就是违法建筑。

(2)农村建设用地上的违法建筑。宅基地、乡镇村办企业用地、乡(镇)村公共设施及公益事业用地是用来建设的农村土地，但必须符合土地利用规划，必须取得建设规划和工程规划许可证。否则，就属于违法建筑。

(3)村集体以外的人或企业违法建筑。《土地管理法》规定，任何单位和个人进行建设，必须申请国有土地，村民建设住宅、乡镇村办企业或乡镇村公共设施及公益事业用地除外。所以，有本村以外的人或企业在本村土地上建房建厂，如果没有走依法征用程序，把集体土地变为国有土地，并取得使用权，那肯定是违法建筑。