零申报企业跟一般公司的注销流程一样。

注销流程如下：

1、成立清算组。

2、展开清算工作。

清算组自成立之日起接管公司，开展以下业务：接管公司财产、了结公司未了业务、收取债权、清理债务、分配剩馀财产、注销公司法人资格并吊销营业执照。

3、通知债权人申报债权。

4、提出清算方案。

清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，拟定提出清算方案，报股东会讨论通过或者主管机关确认。清算方案的主要内容有：清算费用、应支付的职工工资和劳动保险费、应缴纳的税款、清偿公司债务、分配剩馀财产、终结清算工作。

在清算进行完以后，才能进行注销。

长期零申报会导致什么风险

税务机关将纳税人纳入重点监控范围，并会按照相关规定进行纳税评估。

在评估的过程中如发现其企业存在虚开发票，隐瞒收入等等，情节严重的会移送稽查。税务机关通过核查，可以按照相关规定采用成本费用公式核定纳税人收入。

企业零申报只是暂时的解决办法，如果公司没有应税收入，建议必须及时注销，以免不小心上工商黑名单，后果就严重了。

《公司法》第一百八十八条，公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。