公司章程的效力高于公司成立协议。公司章程是公司的行为准则，公司章程对公司、股东、董事、监事、职工均具有约束力。公司章程具有最高法律效力。当公司章程与公司设立协议相冲突时，应当以公司章程为准。

公司章程往往是以设立协议为基础而制定的，设立协议的主要内容，通常都会被公司章程所吸收。如果两者发生了冲突，在实际适用时，应当以公司章程为准。

公司设立协议的效力期限，一般仅仅限于公司成立。公司一旦成立，公司设立协议的效力就终止，有关公司设立与经营管理的相关事项，均应有公司章程予以规范。

在现实生活中，公司章程大多是在公司设立协议之后签署的，根据法律文件的时间效力判断，应当以公司章程为准。