1、依据不同：

城市排水许可证依据《城市排水许可管理办法》；排污许可证依据《排污许可证管理办法》。

2、排放要求不同：

仅对于城市纳管排水户来说，城市排水许可证对其水量、入网水质做了规定；排污许可证还增加了污染物总量控制的要求。

3、发证单位不同：

城市排水许可证由城建部门负责发放；排污许可证由环保部门负责发放。

《城市排水许可管理办法》

第五条国务院建设主管部门负责全国城市排水许可的监督管理。省、自治区人民政府建设主管部门负责本行政区域内城市排水许可的监督管理。直辖市、市、县人民政府负责城市排水管理的部门（以下简称排水管理部门）负责本行政区域内城市排水许可证书的颁发和管理。

第六条在城市排水管网及其附属设施覆盖范围内，排水户应当按照城市排水规划等有关要求，将污水排入城市排水管网及其附属设施。