依据我国相关法律的规定，如果土地出让合同是有约定土地使用人可以自建房屋的，在出让的土地上自建房屋是不违法的。

《中华人民共和国城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》

第八条土地使用权出让是指国家以土地所有者的身份将土地使用权在一定年限内让与土地使用者，并由土地使用者向国家支付土地使用权出让金的行为。

土地使用权出让应当签订出让合同。

第十七条土地使用者应当按照土地使用权出让合同的规定和城市规划的要求，开发、利用、经营土地。

未按合同规定的期限和条件开发、利用土地的，市、县人民政府土地管理部门应当予以纠正，并根据情节可以给予警告、罚款直至无偿收回土地使用权的处罚。

第十八条土地使用者需要改变土地使用权出让合同规定的土地用途的，应当征得出让方同意并经土地管理部门和城市规划部门批准，依照本章的有关规定重新签订土地使用权出让合同，调整土地使用权出让金，并办理登记。

农村自建房怎么办理土地证

土地证作用就是拥有该地块的合法使用权，受法律的保护。土地证上会注明该土地的地理位置、用地性质、用地面积、使用者等相关信息，农村自建房可以把土地使用权转让、作价出资、出租或抵押，办理流程如下：

1、房屋转让连同土地使用权转移，需提交房屋买卖协议、房照、原土地使用证。

2、房屋连同土地使用权继承，赠与需提交房照、原土地使用证、公证书或使用权人亲笔签名协议与街道证明。

3、新建房屋土地登记需提交土地和规划部门建房批件。

4、农村自建房土地证书遗失或者损毁的，土地权利人应当及时向原发证机关备案，申请补发新证，在当地报纸上进行公告。自公告之日起三十日内无异议的，原发证机关注销原土地证书，补发新证书。

5、买卖分宗、继承、赠与分宗须双方共同到局办理。

6、委托代办除提交上述资料外，还须提供委托人签名盖章的委托书。