高速应急车道停车三分钟内可能会被处罚，根据规定，机动车驾驶人驾驶机动车在高速公路或者城市快速路上违法占用应急车道行驶的，一次扣6分，还会被处罚款。

一、机动车不按导向车道行驶怎么处罚

驾驶机动车不按规定车道行驶，通常指不按车道行驶，压线、骑线行驶。违法行为有以下三种：1.驾驶机动车在高速公路上不按规定车道行驶的，违法代码：43120，处罚标准：扣3分，罚款50元。2.驾驶机动车在城市快速路上不按规定车道行驶的，违法代码：13550，处罚标准：扣3分，罚款50元。3.驾驶机动车在高速公路、城市快速路以外的道路上不按规定车道行驶的，违法代码：60230，处罚标准：不扣分，罚款50元。

二、未按导向车道行驶怎么处罚

未按导向车道行驶的，会被处警告或者二十元以上二百元以下罚款，并扣3分。根据规定，道路划设专用车道的，在专用车道内，只准许规定的车辆通行，其他车辆不得进入专用车道内行驶。机动车驾驶机动车在高速公路或者城市快速路上不按规定车道行驶的，一次扣3分。

三、机动车占道行驶违反哪条

驾驶机动车遇前方机动车停车排队或者缓慢行驶时，借道超车或者占用对面车道、穿插等候车辆的扣2分；驾驶机动车在高速公路或者城市快速路上不按规定车道行驶的扣3分；驾驶机动车在高速公路或者城市快速路上违法占用应急车道行驶的扣6分。