《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第二十五条规定：企业发生非货币性资产交换，以及将货物、财产、劳务用于捐赠、偿债、赞助、集资、广告、样品、职工福利或者利润分配等用途的，应当视同销售货物、转让财产或者提供劳务，但国务院财政、税务主管部门另有规定的除外。《国家税务总局关于企业处置资产所得税处理问题的通知》(国税函[2008]828号)就企业处置资产的所得税处理问题进行了进一步明确，规定：企业发生下列情形的处置资产，除将资产转移至境外以外，由于资产所有权属在形式和实质上均不发生改变，可作为内部处置资产，不视同销售确认收入，相关资产的计税基础延续计算。(一)将资产用于生产、制造、加工另一产品;(二)改变资产开关、形状或性能;(三)改变资产用途(自如建商品房转为自用或经营);(四)将资产在总机构及其分支机构之间转移;(五)上述两种或两种以上情形的混合;(六)其他不改变资产所有权属的用途。

可见，并非所得处置资产的行为都作视同销售处理。你公司将部分固定资产对外拍卖，应将取得的拍卖收入缴纳企业所得税;你公司将部分固定资产投入下属分支机构并收入一定数额使用费的行为，属于上述第四款将资产在总机构及其分支机构之间转移，并且未改变资产所有权属。因此，对此项资产处置行为可不视同销售缴纳企业所得税，所收取的使用费不作为收入，但分支机构也不得作为费用扣除。