随着个人独资企业的法律地位的确立，其诉讼法上的主体资格也就迎刃而解。最高法院《民诉意见》第40条第一款第(一)项作了明确规定“经过工商登记的个人独资企业是具有独立诉讼地位的其他经济组织”，这一司法解释的规定，明确确立了个人独资企业的诉讼主体地位，但同时也为实务中正确处理个人独资企业案件增添了混淆因素。

在司法实践中关于涉及个人独资企业诉讼的案件，在诉讼主体的确定上十分混乱，有的案件原告起诉了个人独资企业，法院主动追加投资人为被告;有的案件原告起诉了个人独资企业投资人，法院又主动追加个人独资企业为被告;有的案件原告既起诉了个人独资企业，又起诉了投资人，法院却以个人独资企业有独立法律人格，判定原告对个人独资企业投资人的起诉不正确。上述问题的出现说明对待这类案件审判实务中理解还欠一致。

笔者认为，个人独资企业和企业投资人处于原告地位时，如是个人独资企业发生的争议应以个人独资企业为原告;如是个人独资企业投资人发生的争议应以个人独资投资人为原告;但如发生争议后，企业被解散、注销的，则可以以企业投资人为原告。个人独资企业和企业投资人处于被告地位时，应充分尊重当事人诉权的选择权，以原告的诉请为准。原告诉请个人独资企业为被告的，直接列个人独资企业为被告;原告诉请企业投资人为被告的，直接列企业投资人为被告;原告既诉请个人独资企业又诉请企业投资人为被告的，可将企业和企业投资人共同列为被告。其理由是：

1、前述的个人独资企业的情形并不包括在《民诉意见》规定的十种必要共同诉讼中，所以一般以原告的诉请为准，人民法院不应随意的追加被告。

2、虽然实体法中规定企业投资人对企业债务承担无限责任，但原告仅诉请个人独资企业为被告时，可以不追加企业投资人为被告，因为企业投资人可以通过其他程序承担《个人独资企业法》规定的无限责任。《最高人民法院关于人民法院执行工作若干问题的规定(试行)》第七十六条中规定了“被执行人为无法人资格的私营独资企业，无能力履行法律文书确定的义务的，人民法院可以裁定执行该独资企业业主的其他财产”。

3、原告起诉个人独资企业和个人独资企业投资人时，列个人独资企业和企业投资人为共同被告。是符合《个人独资企业法》第2条、第31条和《民事诉讼法》第53条关于共同诉讼的规定，所以可按普通共同诉讼对待。如果企业和企业投资人都作为被告参加了诉讼，民事责任如何承担实务界也很困惑。其症结仍然在我国实体法和程序法对个人独资企业的法律地位作出了不一致的规定，这一矛盾只有等待立法的统一才能最终化解。现阶段，笔者倾向于作实体判决时不判令企业和企业投资人承担连带责任或补充责任为宜，因为法律关于连带责任和补充责任的规定都是针对两个以上独立主体而言的，但考虑到个人独资企业和个人独资企业投资人两者有独立的诉讼地位，可以模糊地判决企业和企业投资人共同承担民事责任。