不影响。公司发放工资时，发现金还是直接打卡只是工资发放方式上的区别，不影响个人所得税的计算。即如果工资数额达到缴纳条件，公司应当依法予以扣缴。《个人所得税法》第八条个人所得税，以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。个人所得超过国务院规定数额的，在两处以上取得工资、薪金所得或者没有扣缴义务人的，以及具有国务院规定的其他情形的，纳税义务人应当按照国家规定办理纳税申报。扣缴义务人应当按照国家规定办理全员全额扣缴申报。

一、个人所得税能补缴吗

个人所得税能补缴。个人所得税，以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。鉴于目前的收入大多是劳动收入，个人所得税的缴纳主要表现为用人单位代扣代缴，扣缴义务人应当按照国家规定办理全额扣缴申报。个人所得超过国务院规定金额的，或者在两个以上地方取得工资、工资或者没有扣缴义务人的，以及国务院规定的其他情形的，纳税人应当按照国家规定办理纳税申报。纳税人、扣缴义务人计算错误、未缴或者少缴税款的，税务机关可以在三年内追缴税款、滞纳金；特殊情况下，追缴期限可延长至五年。也就是说，个人所得税可以补缴，但可能需要缴纳滞纳金。依法纳税是每个公民的法定义务。新一轮个人所得税改革提高了个人所得税起征点，后期设置了专项扣点，这将改变收入越高、缴纳个人所得税的局面。在当前税收征管改革的背景下，劳动者只有如实申报和缴纳个人所得税，才能对自身产生长期影响。

二、代扣代缴个人所得税怎么申报

代扣代缴个人所得税申报步骤：

1、双击自然人税收管理系统扣缴客户端点击登录进入自然人税收管理系统；

2、点击综合所得申报收入及减除填写依次填写所得项目；

3、点击税款计算系统会自动计算税款；

4、点击填写附表填写所得税附表；

5、点击申报报送后点击发送申报按钮发送所得税申报表；

6、点击获取反馈 显示申报成功所得税就申报完成了。

个人所得税法是调整征税机关与自然人（居民、非居民人）之间在个人所得税的征纳与管理过程中所发生的社会关系的法律规范的总称。个人所得税法，就是有关个人的所得税的法律规定。在我国，个人年度收入超过一定的限额时，必须进行个税申。居民个人取得工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得和特许权使用费所得，由扣缴义务人按月或者按次预扣预缴税款。

符合需要办理汇算清缴情形的纳税人，应当在取得所得的次年3月1日至6月30日内，向任职、受雇单位所在地主管税务机关办理汇算清缴。没有任职、受雇单位的，向户籍所在地或经常居住地主管税务机关办理。居民个人取得利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，由扣缴义务人按月或者按次代扣代缴税款。扣缴义务人未扣缴税款的，纳税人应当在取得所得的次年6月30日前，向主管税务机关缴纳税款。个体工商户业主、个人独资企业投资者、合伙企业个人合伙人、承包承租经营者个人以及其他从事生产、经营活动的个人取得经营所得的，应当办理预缴申报和汇算清缴。纳税人应当在月度或季度终了后15日内，向经营管理所在地主管税务机关办理预缴纳税申报。在取得所得的次年3月31日前，向经营管理所在地主管税务机关办理汇算清缴。居民个人从中国境外取得所得的，应当在取得所得的次年3月1日至6月30日内，向中国境内任职、受雇单位所在地主管税务机关办理纳税申报。在中国境内没有任职、受雇单位的，向户籍所在地或中国境内经常居住地主管税务机关办理纳税申报。