版权登记但被抢注商标的处理办法如下：

1、如果被抢注商标处于初审公告期，可以向商标局提出异议。

2、如果被抢注商标已核准注册，可以在该商标注册后五年时间内向商标评审委员会提出撤销申请；如果被抢注商标属于驰名商标，提出撤销申请的时间没有限制。

3、如果被抢注商标在注册后长期没有进行使用，可以“连续三年停止使用”为由向商标局提出撤销申请。

一、我的食品被别人抢注商标了该怎么办呢

生产食品别人抢注了商标的处理是：在抢注商标的公告内，向商标局提出异议。《中华人民共和国商标法》规定，对初步审定公告的商标提出异议的，商标局应当听取异议人和被异议人陈述事实和理由，经调查核实后，自公告期满之日起十二个月内做出是否准予注册的决定，并书面通知异议人和被异议人。

二、商标异议由哪一级行政机关裁定？

对商标局初步审定并公告的商标提出反对意见，要求商标局不予注册被异议的商标。提出异议的人为异议人，被异议的商标申请人为被异议人。根据规定，对商标局初步审定、予以公告的商标有异议的，异议人应当向商标局提出异议申请。商标局做出准予注册决定的，发给商标注册证，并予公告。异议人不服的，可以依照规定向商标评审委员会请求宣告该注册商标无效。