你们并没有在劳动合同中约定过绩效工资，而是按照惯例在执行绩效工资的计算。绩效工资的计算方式，属于内部制度。如果要对此进行调整，理论上要通过民主协商的方式确定，单位不能单方面作出调整。所以，你能够证明你们之前的绩效工资惯例的话，可以通过劳动监察或劳动仲裁的方式，阻止单位对于绩效工资的制度变更，保障自己的权益。
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1、双方协商解决。劳动者与用人单位就劳动纠纷问题直接进行协商，这不是必经程序，双方可以协商，也可以不协商，完全出于自愿。但是如果感觉公司可以讲道理，表明自己的立场，和单位协商要求发放自己应得的绩效工资。毕竟闹上法庭也是一件在经济上和程序上都有一定的压力，能协商解决更好。 2、地方申请调解。当事人就已经发生的劳动纠纷向劳动纠纷调解委员会申请调解的程序。调解程序也由当事人自愿选择，调解协议不具有强制执行力，如果一方反悔，同样可以向仲裁机构申请仲裁。 3、劳动仲裁处理。如果公司态度恶劣，不愿支付劳动者应得的绩效工资吗，当事人可以将纠纷提交劳动争议仲裁委员会进行处理的程序，如果想提起诉讼打劳动官司，必须经过仲裁程序，不能直接向人民法院起诉。 4、劳动诉讼解决。这一般作为最后的手段，即我们平常所说的打官司。诉讼程序的启动是由不服劳动争议仲裁委员会裁决的一方当事人向人民法院提起诉讼后启动的程序。
辞职扣员工工资，可以按照以下途径进行处理： 1、协商，用人单位和劳动者协商； 2、调解，当事人可以向本单位劳动争议调解委员会申请调解； 3、仲裁，当事人可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，由劳动仲裁委员会对劳动争议作出仲裁； 4、诉讼，当事人可以请求人民法院给予帮助，请求人民法院对劳动争议作出判决，要特别注意，在进行诉讼前，必须先申请劳动仲裁。
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