劳动者在上班期间生病，而且申请病假，但超过法定医疗期的，那么单位会解除劳动合同，而且支付劳动者经济补偿。法律依据：《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》第三条：企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期：（一）实际工作年限十年以下的，在本单位工作年限五年以下的为三个月；五年以上的为六个月。（二）实际工作年限十年以上的，在本单位工作年限五年以下的为六个月；五年以上十年以下的九个月；十年以上十五年以下的为十二个月；十五年以上二十年以下的为十八个月；二十年以上的为二十四个月。第四条：医疗期三个月的按六个月内累计病休时间计算；六个月的按十二个月内累计病休时间计算；九个月的按十五个月内累计病休时间计算；十二个月的按十八个月累计病休时间计算；十八个月的按二十四个月内累计病时间计算；二十四个月的按三十个月内累计病休时间计算。第八条：医疗期满尚未痊愈者，被解除劳动合同的经济补偿问题按照有关规定执行。
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公司单方面解除劳动合同的。如果是劳动者存在劳动合同法第三十九条的情形的，那么员工不能要求赔偿。如果不是的，那么员工可以要求公司赔偿，具体的数额根据工作年限和工资计算。
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