当事人有权选择任何一种途径解决事故争议。医疗事故争议发生后，当事人可以根据自己的愿意，决定选择行政处理程序，由卫生行政部门通过调解手段解决争议;也可以直接选择司法程序，提起民事诉讼，由人民法院解决争议。但是，当事人不能同时选择两种途径解决医疗事故争议。医疗事故争议发生后，当事人不能同时选择行政程序和司法程序解决争议问题。只能选择一个途径解决双方争议的问题。如果当事人选择了行政程序，行政程序并不否定当事人仍有继续选择司法程序的可能。已经进入民事诉讼程序的，则不能进行行政处理。通过司法程序，是解决医疗事故争议的最终途径，是民事救济的最终手段。对于人民法院发生法律效力的判决书，当事人都必须履行。医疗纠纷是指发生在医疗卫生、预防保健、医学美容等具有合法资质的医疗企事业法人或机构中，一方(或多方)当事人认为另一方(或多方)当事人在提供医疗服务或履行法定义务和约定义务时存在过失，造成实际损害后果，应当承担违约责任或侵权责任，但双方(或多方)当事人对所争议事实认识不同、相互争执、各执己见的情形。医疗纠纷通常是由医疗过错和过失引起的。医疗过失是医务人员在诊断护理过程中所存在的失误。医疗过错是指医务人员在诊疗护理等医疗活动中的过错。这些过错往往导致病人的不满意或造成对病人的伤害，从而引起医疗纠纷。除了由于医疗过错和过失引起的医疗纠纷外，有时，医方在医疗活动中并没有任何疏忽和失误，仅仅是由于患者单方面的不满意，也会引起纠纷。这类纠纷可以是因患者缺乏基本的医学知识，对正确的医疗处理、疾病的自然转归和难以避免的并发症以及医疗中的意外事故不理解而引起的，也可以是由于患者的毫无道理的责难而引起的。亦有人称之为医疗侵权纠纷，即医疗服务的提供者与接受者之间对医疗行为及其后果是否侵权及侵权责任的争议。
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发生了医疗事故争议医院的处理如下： 第一，当发生或者发现医疗过失、医疗事故可能引起医疗争议时，当事者立即向科室负责人报告，科室负责人在24小时之内向医疗服务监控办公室或总值班汇报，接到报告后应立即进行调查、核实，并将有关情况向监控委员会主要负责人汇报，发生医疗事故的按规定向卫生行政部门报告，发生患者死亡或者可能为二级以上的医疗事故，导致三人以上人身损害的，应在12小时内向卫生行政部门汇报。 第二，已发生或者发现医疗过失行为的，当事人在按规定程序上报同时，由科室或者院部组织最强技术力量，及时采取有效措施，避免或者减轻对患者身体健康的损害防止损害扩大。 第三，发生医疗事故争议时，对疑似输液、输血、注射、药物等引起不良反应，有关人员应及时报告医务科，并组织有关人员会同患方对现场实物封存和启封，需检验的，由双方指定的检验机构检验。 第四，对发生患者死因不明或对死因有异议的，应告知患方在规定时间内提出尸检申请，拒绝尸检的，应让患者家属签字，如拒绝签的，院方应当如实记载，并记录在场的其他证人。 第五，凡发生医疗事故争议时，当事人必须将事情详细经过以书面形式陈述，经科室讨论，分析原因，写出定性结论，并以书面形式在2天内交医务科，并提交医疗安全管理委员会讨论，予以责任认定和提出整改措施。
医院发生医疗事故最好的方式是首先与患方进行沟通，看能否协商解决，能够协商一致的就协商结案，如果意见不一可以申请医疗事故争议处理，如果还是无法处理的话，可以上诉到法院解决。
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