关于新农合的报销制度，全国没有统一的规定，各地根据自己的实际情况有不同的规定。以北京市海淀区为例看一下相关规定。 (一)普通参合人员医疗费用报销政策。年度内多次住院，首次住院医疗费用超出起付线者，再次住院发生费用累计计算，按规定进行补偿。因病住院经批准转院连续住院治疗的，其住院的医药费用累计计算，按规定进行报销，每月结报一次。恶性肿瘤进行放、化疗、肾透析，肝、肾移植(或肝肾联合移植)术后服用抗排异药及儿童再生障碍性贫血和血友病所发生的特殊病种门诊费用，每月结报一次。年度内多次门诊，门诊累积医疗费用超出起付线者，按规定进行报销，具体报销时限由各乡镇自行制定。镇(乡)新型农村合作医疗经办机构每月的1日至20日内向海淀区新型农村合作医疗管理中心申请复审结算。对于当年12月份发生的医疗费用单据应最迟在次年1月20日前向海淀区新型农村合作医疗管理中心进行申请复审结算。跨年度连续住院的费用，当年12月31日以前含(31日)发生的住院医疗费用和自下一年起发生的住院医疗费用分别进行结算。根据各年度实际缴费情况予以补偿。对于跨年度结算的一次住院费用只计算一次起起付线。 (二)两类特殊人群住院医疗费用补偿政策和流程。 (1)参合农民参加其他商业医疗保险，如先由商业医疗保险按照其标准支付补偿款的，参合患者须向镇(乡)合管办提供商业保险分割单和住院医疗费用全部票据复印件进行报销。若先由新型农村合作医疗报销的，由新农合出具费用分割单，再到商业医疗保险公司报销。新型农村合作医疗补偿款和商业医疗保险补偿款总额不应超过所发生住院医疗总费用。 (2)参加新农合的优抚对象，首先由民政局按照有关政策进行报销，参合患者须向镇(乡)合管办提供民政局出具的优抚对象新型农村合作医疗报销介绍信，新型农村合作医疗对优抚对象经民政局报销后的剩余金额部门按照新农合标准进行报销。
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1、门诊补偿： (1)村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%，每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元。 (2)镇卫生院就诊报销40%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元。 (3)二级医院就诊报销30%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。 (4)三级医院就诊报销20%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。 (5)中药发票附上处方每贴限额1元。 (6)镇级合作医疗门诊补偿年限额5000元。 2、住院补偿 (1)报销范围： A、药费：辅助检查：心脑电图、X光透视、拍片、化验、理疗、针灸、 CT、核磁共振等各项检查费限额200元;手术费(参照国家标准，超过1000元的按1000元报销)。 B、60周岁以上老人在兴塔镇卫生院住院，治疗费和护理费每天补偿10元，限额200元。 (2)报销比例：镇卫生院报销60%;二级医院报销40%;三级医院报销30%。 3、大病补偿：镇风险基金补偿：凡参加合作医疗的住院病人一次性或全年累计应报医疗费超过5000元以上分段补偿，即5001-10000元补偿65%，10001-18000元补偿70%。镇级合作医疗住院及尿毒症门诊血透、肿瘤门诊放疗和化疗补偿年限额1.1万元。
购买新农合后出现疾病需要住院治疗的，只要在新农合的定点医院治疗，带着合作医疗证去医院的新农合窗口去办理住院就可以，住院结束后带着身份证、户口本、合作医疗证、住院证明、出院证明、医疗费收据以及住院发票去新农合窗口办理结算即可，结算窗口会直接给予报销。
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