土地包括农用地、建设用地、未利用地的使用权即占有、利用、收益土地的权利。土地使用权的客体包括国有土地和集体土地。农用地使用权指的是土地承包经营权；国有土地建设用地指建设用地使用权；集体土地用于建住宅，称宅基地使用权。土地使用权争议是因土地使用权属归哪一方即权属不清而发生的争议。无论土地性质和用途如何，只要因占有、利用、收益土地的权属归属存在争议，就是土地使用权争议，应由人民政府处理。 土地承包经营权侵权纠纷是权利人已经依法取得的农用地占有、利用、收益权利遭受他人非法的侵犯而发生的纠纷。认定土地承包经营权侵权纠纷的前提是：对占有、利用、收益土地的权属归属不存在争议即权属归属明确。即使权利人的土地承包经营权曾经被有关机关通过登记发证等程序确认，但利害关系人对权属归属提出异议，这类纠纷仍应认定为土地使用权纠纷，由政府处理。归属经处理、复议、诉讼等程序确认。土地使用权确认是指在土地使用权的归属不明或发生争议时，利害关系人请求有关权利机关确认土地使用权归属，从而解决土地使用权争议的行为。土地使用权确认请求权由对特定的土地有利害关系人行使，利害关系人不一定是土地使用权人，在土地使用权的归属不清或发生争议时，利害关系人可以是任何与特定的土地就土地使用权归属有土地使用权法律关系的自然人、法人和其他组织，他们都可以向有关机关或机构提出土地使用权确认的请求。
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侵犯土地承包经营权纠纷，如果是个人之间、个人与单位之间发生的争议案件，当事人可以向乡级人民政府处理；如果是单位与单位之间发生的争议案件，当事人可以向争议土地的县级国土资源行政主管部门调查处理。
区别在于权利归属不同：土地所有权，归属集体；承包权，归属农户；经营权，归属经营者。 1、首先，关于土地的所有权是由我国国家性质所决定的。我国宪法明确规定“农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于国家所有的以外，属于集体所有；宅基地和自留地、自留山，也属于集体所有”。因此，农村土地集体所有权的根本地位坚持不变。 2、其次，土地承包经营权属于用益物权。在权利内容上，多数观点认为，土地承包经营权系承包权与经营权的双重属性混合。其中，承包权属于成员权，只有集体成员才有资格拥有，具有身份依附性和不可对外转让性；经营权属于财产权，在权利属性上具有可交易性。 3、由此，在“两权分置”下，土地所有权和土地承包经营权其实并不具备自由流转的物权属性。但“三权分置”体制实现了集体、承包农户、新型经营主体对土地权利的共享，从法律制度的角度看，其本质就是确定在不改变土地公有制的基本经济制度前提下，在土地上分离出一个更加符合市场交易要求的私权——土地经营权。
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