建筑违章但土地具有合法的使用权或产权也要给予适当的补偿，如果因拆迁造成土地使用收益损失应予以适当补偿。 在拆迁补偿中，要注意区分违章建筑和建筑范围内的土地使用权。违章建筑按照有无土地适用权的标准基本上可以分为两类：一类是取得土地使用权的违章建筑，一类是未取得土地使用权的违章建筑。如果违章建筑具有合法的土地使用权，即使在拆迁时不就拆除违章建筑本身补偿违章建筑人，也必须考虑土地使用权对违章建筑人的财产利益。如果土地使用权是通过划拨方式得来的，拆迁人可以不补偿使用该土地的违章建筑人；但是如果土地使用权是通过出让方式得来，违法建筑人缴足了土地出让金但出让年限还未到期时，拆迁人应当就拆除违章建筑给违章建筑人造成的土地使用收益的损失予以适当补偿。
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违章建筑使用权转让合同一般没有效力。因为被认定是违章建筑的，基于此所签订相关合同也不会生效，但违章建筑一方在一审法庭辩论终结前取得建设工程规划许可证的除外。
转让土地使用权和建筑物的关系是随之转让。我国实施地随房走、房随地走、房地一体的房屋产权与土地使用权同时登记原则。土地使用权转让时，其地上建筑物、其他附着物所有权随之转让，并应当按照规定办理过户登记。
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