按规定是公司不能全扣员工工资，要是员工工资被全扣了，那么公司也就是违规的。公司不仅不能把员工工资全扣了，每月扣减的工资的也不得超过员工当月工资的20%，并且扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。要是扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，就按最低工资标准支付。若公司违规克扣工资，可按照劳动争议解决办法处理，具体有如下：1、与用人单位就劳动纠纷问题直接进行协商。2、可自愿选择调解，主要是去找劳动纠纷调解委员会申请调解，当然还可以去法院申请调解等。注意的是，调解协议不具有强制执行力，如果一方反悔，同样还是可以向仲裁机构申请仲裁。3、去申请仲裁，将纠纷提交劳动争议仲裁委员会进行处理。4、要是你在经过劳动仲裁都不能解决你工资被扣的问题，那么现在最好就要收集相关证据积极去法院起诉。必须得先经过劳动仲裁，对仲裁裁决不服的人才能接着去法院起诉。
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用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金： (一)克扣或者无故拖欠劳动者工资的; (二)拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的; (三)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的; (四)解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。
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