职工月工资扣除个人承担的三险一金和费用3500元，适用超额累进税率纳税。按《个人所得税法》和国务院《个人所得税实施条例》规定，职工工资薪金所得，扣除应有个人缴纳的社会保险费和住房公积金，减除费用3500元后，适用超额累进税率，缴纳个人所得税。职工应纳个人所得税税额=应纳税所得额×适用税率-速算扣除数=（扣除三险一金后月收入-扣除标准）×适用税率-速算扣除数。《个人所得税法》第二条下列各项个人所得，应纳个人所得税：一、工资、薪金所得；第三条个人所得税的税率：一、工资、薪金所得，适用超额累进税率，税率为百分之三至百分之四十五（税率表附后）。第六条应纳税所得额的计算：一、工资、薪金所得，以每月收入额减除费用三千五百元后的余额，为应纳税所得额。国务院《个人所得税法实施条例》第二十五条按照国家规定，单位为个人缴付和个人缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金，从纳税义务人的应纳税所得额中扣除。
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五险一金的计算公式为：五险一金缴费基数×五险一金缴纳比例。五险一金缴费基数是指职工在一个社保年度的社会保险缴费基数，它是按照职工上一年度1月至12月申报个人所得税后的工资的月平均额来进行确定。而缴纳比例分为单位和个人缴纳部分：养老保险，单位缴纳比例21%，个人缴纳比例8%；医疗保险，单位缴纳比例9%，个人缴纳比例2%；失业保险，单位缴纳比例2%，个人缴纳比例1%；工伤保险，根据单位被划分的行业范围来确定它的工伤费率，在0.5%~2%之间，个人不用缴费；生育保险，单位缴纳比例0.8%，个人不用缴费；住房公积金，根据单位的实际情况，选择住房公积金缴费比例，一般是在5%—12%之间，员工和单位缴费比例都是一样的。
工资是扣完五险一金才发放的,五险一金虽然单位会给职员缴纳,但是每个月职员的部分薪资,也需要被扣除来缴纳五险一金,也即五险一金需要职员与单位共同缴纳。若是职员在入职之前,与单位签署的合同之中,没有约定缴纳五险一金的,工资发放时无需扣除。
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