员工在工作过程中，突发疾病，是不能判定为工伤的。单位可以不用进行赔偿。建议员工直接起诉单位，要求单位承担部分责任（因超时加班等原因）。 依据《工伤保险条例》 第十五条职工有下列情形之一的，视同工伤： （一）在工作时间和工作岗位，突发疾病死亡或者在48小时之内经抢救无效死亡的； （二）在抢险救灾等维护国家利益、公共利益活动中受到伤害的； （三）职工原在军队服役，因战、因公负伤致残，已取得革命伤残军人证，到用人单位后旧伤复发的。 职工有前款第（一）项、第（二）项情形的，按照本条例的有关规定享受工伤保险待遇；职工有前款第（三）项情形的，按照本条例的有关规定享受除一次性伤残补助金以外的工伤保险待遇。
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首先要看是否职业病，如果认定职业病，就去做工伤认定，获得以下工伤保险待遇。工伤是指职工因为工作原因遭受事故伤害或者职业病危害。突发疾病属于自身原因导致的，那不算工伤。一般的由于自身状况出现的病情一般用人单位不需要赔偿（当然好的单位会发一些营养费之类的费用），所以最好能参加医疗保险．如果是工作性质的疾病包括交通事故（上，下班半小时内）可以算做工伤，享受工伤待遇。
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