如果员工按照用人单位的离职流程依法办理离职的，老板非法克扣劳动者的工资属于违法行为，劳动者可以到用人单位所在地的劳动监察部门进行投诉，也可以到用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，维护合法权益。如果劳动者自离的，劳动者因此给用人单位造成损失的，劳动者应当承担赔偿责任。《劳动合同法》第五十条用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。
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不合法，双方在解除或者终止劳动合同时，用人单位应当一次性支付员工的工资，用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资是违法的，用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请发出支付令。
如果员工擅自离职给公司造成经济损失的，则公司可以扣工资。但公司每月从员工工资中扣除的数额不得超过其当月工资的20%；如果扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准来支付。
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