增值税专用发票丢失是在增值税一般纳税人经营过程中经常发生的。在丢失了增值税专用发票后，首先应分清丢失发票的责任，如是销售方的责任，应接受税务机关作出的未按规定保管发票的处罚；而如是购买方的责任，需要求对方出具丢失发票的说明或主管税务机关对其未按规定保管发票行为的处罚证明，然后分下列情况处理：1、销售方丢失增值税专用发票（1）丢失空白未开具的增值税专用发票的，首先按规定程序向销售方当地主管税务机关、公安机关报失，接受税务机关处罚；其次，由主管税务机关代收取“挂失登报费”，并将丢失专用发票的纳税人名称、发票份数、字轨号码、盖章与否等情况，统一传（寄）中国税务报社等税务报刊杂志上刊登“遗失声明”。（2）销售方丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联的，待申报、报税后向主管税务机关申请出具《丢失增值税专用发票已报税证明单》，并把该证明和丢失发票的记账联复印件交购买方抵扣。（3）销售方丢失已开具专用发票的抵扣联、发票联其中一联（两联没有全部丢失）的：可让购买方使用未丢的联次到主管税务机关认证和记账，复印件留存备查。2、购货方丢失增值税专用发票（1）如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。（2）如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
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分为以下几种情况及处理方式： (1)使用发票的单位和个人丢失发票，应当与发票丢失当日或次日(节假日顺延)书面报告主管税务机关，并向主管税务机关指定的报刊等媒介刊登公告声明作废。纳税人丢失发票办理丢失声明的，必须在具有全国报刊号的报纸上刊登。 (2)开具发票一方丢失已填开的发票联，应重新开具发票交对方入账。重新开具发票时，应在备注栏填写丢失发票的客户名称、发票种类代码和号码、金额，开票单位。开具发票方记账时附上丢失发票的其他联次作为合法入账凭证。 (3)取得发票一方丢失已填开的发票联，应取得原签发单位盖有公章的证明，并注明原来发票的号码、金额和内容等、由经办单位负责人批准后，才能代做原始凭证。
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