关于新农合的报销制度，全国没有统一的规定，各地根据自己的实际情况有不同的规定。以北京市海淀区为例看一下相关规定。 (一)普通参合人员医疗费用报销政策。年度内多次住院，首次住院医疗费用超出起付线者，再次住院发生费用累计计算，按规定进行补偿。因病住院经批准转院连续住院治疗的，其住院的医药费用累计计算，按规定进行报销，每月结报一次。恶性肿瘤进行放、化疗、肾透析，肝、肾移植(或肝肾联合移植)术后服用抗排异药及儿童再生障碍性贫血和血友病所发生的特殊病种门诊费用，每月结报一次。年度内多次门诊，门诊累积医疗费用超出起付线者，按规定进行报销，具体报销时限由各乡镇自行制定。镇(乡)新型农村合作医疗经办机构每月的1日至20日内向海淀区新型农村合作医疗管理中心申请复审结算。对于当年12月份发生的医疗费用单据应最迟在次年1月20日前向海淀区新型农村合作医疗管理中心进行申请复审结算。跨年度连续住院的费用，当年12月31日以前含(31日)发生的住院医疗费用和自下一年起发生的住院医疗费用分别进行结算。根据各年度实际缴费情况予以补偿。对于跨年度结算的一次住院费用只计算一次起起付线。 (二)两类特殊人群住院医疗费用补偿政策和流程。 (1)参合农民参加其他商业医疗保险，如先由商业医疗保险按照其标准支付补偿款的，参合患者须向镇(乡)合管办提供商业保险分割单和住院医疗费用全部票据复印件进行报销。若先由新型农村合作医疗报销的，由新农合出具费用分割单，再到商业医疗保险公司报销。新型农村合作医疗补偿款和商业医疗保险补偿款总额不应超过所发生住院医疗总费用。 (2)参加新农合的优抚对象，首先由民政局按照有关政策进行报销，参合患者须向镇(乡)合管办提供民政局出具的优抚对象新型农村合作医疗报销介绍信，新型农村合作医疗对优抚对象经民政局报销后的剩余金额部门按照新农合标准进行报销。
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新农合政策报销范围是：符合城镇职工医疗保险报销范围的部分；设立起付标准和最高支付限额；住院费用个人自付；住院两次以上的住院费可报销；超过起付标准的住院费分段计算。
最新新农合重大疾病报销范围增至22种，包括原有的儿童先天性心脏病、儿童白血病、乳腺癌等8种重疾，以及新增的肺癌、食道癌、胃癌、结肠癌等14种重特大疾病。新农合在限定费用的基础上，将重大疾病的实际报销比例提高到70%。对于符合条件的救助对象即贫困人群，由民政部再给予补偿20%，二者相加可以到90%。另外，除患22类重大疾病外的参合农村居民，其住院和大病门诊纳入新农合报销政策范围内的个人自负费用年度累计超过2万元以上部分，按60%比例给予救助;新农合报销政策范围外费用年度累计超过4万元以上部分，按20%比例给予救助。
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