关于新农合的报销制度，全国没有统一的规定，各地根据自己的实际情况有不同的规定。以北京市海淀区为例看一下相关规定。 (一)普通参合人员医疗费用报销政策。年度内多次住院，首次住院医疗费用超出起付线者，再次住院发生费用累计计算，按规定进行补偿。因病住院经批准转院连续住院治疗的，其住院的医药费用累计计算，按规定进行报销，每月结报一次。恶性肿瘤进行放、化疗、肾透析，肝、肾移植(或肝肾联合移植)术后服用抗排异药及儿童再生障碍性贫血和血友病所发生的特殊病种门诊费用，每月结报一次。年度内多次门诊，门诊累积医疗费用超出起付线者，按规定进行报销，具体报销时限由各乡镇自行制定。镇(乡)新型农村合作医疗经办机构每月的1日至20日内向海淀区新型农村合作医疗管理中心申请复审结算。对于当年12月份发生的医疗费用单据应最迟在次年1月20日前向海淀区新型农村合作医疗管理中心进行申请复审结算。跨年度连续住院的费用，当年12月31日以前含(31日)发生的住院医疗费用和自下一年起发生的住院医疗费用分别进行结算。根据各年度实际缴费情况予以补偿。对于跨年度结算的一次住院费用只计算一次起起付线。 (二)两类特殊人群住院医疗费用补偿政策和流程。 (1)参合农民参加其他商业医疗保险，如先由商业医疗保险按照其标准支付补偿款的，参合患者须向镇(乡)合管办提供商业保险分割单和住院医疗费用全部票据复印件进行报销。若先由新型农村合作医疗报销的，由新农合出具费用分割单，再到商业医疗保险公司报销。新型农村合作医疗补偿款和商业医疗保险补偿款总额不应超过所发生住院医疗总费用。 (2)参加新农合的优抚对象，首先由民政局按照有关政策进行报销，参合患者须向镇(乡)合管办提供民政局出具的优抚对象新型农村合作医疗报销介绍信，新型农村合作医疗对优抚对象经民政局报销后的剩余金额部门按照新农合标准进行报销。
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可以报销的，因意外伤害的住院患者，出院后还需提交由户口所在村(居)签字盖章的意外伤害引发的原因确认证明以及医院的病案记录。对于无法提供有效证明及记录的，不予受理。报销周期为经区行政服务中心新农合窗口受理起30个工作日内完成，经新农合业务中心稽查人员调查、审核，属实后予以报销;责任由第三方负责的，不予报销;住院患者自己也承担部分责任的，凭协议书或相关证明到区行政服务中心新农合窗口报销自己承担部分的医疗费用。
新农合全国筹资标准不统 一、报销比例不统一，国家允许在政策范围之内根据本地区经济的实际情况进行适当调整。不过，其报销模式有四种：一是门诊统筹报销，花自己在参合时交纳的费用，在村卫生室及乡卫生院报销使用，限于门诊账户资金；二是慢性病门诊报销，符合慢性病管理规定，申请办理新农合慢性病证，在乡、县、市等公立医疗机构拿药或检查可报；三是大病住院统筹报销，因生病住院治疗，都可报销，不过报销报销比例乡级医院最高，省级最低，一般乡镇卫生院报销比例为80—90%，县级医院70—80%，市级医院55—65%，省级医院报销比例为40—55%之间，且起付线差别也很大；四是新农合大病救助报销，符合大病救助项目，按大病救助的诊疗模式执行，其报销比例可达90%，救助的病种都是重症病号。
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