国家秘密和商业秘密虽都属于秘密的范畴，但二者属于不同的层次，其主要区别是：国家秘密是一种公权，而商业秘密是一种私权。主要体现在：
一、国家秘密关系国家的安全和利益，体现和代表一般的或国家的意志而商业秘密则仅关系权利人的经济利益和竞争优势，体现和代表个别的或权利人的意志。
二、国家秘密涉及国家的政治、军事、外交、国民经济与社会发展、科学技术、国家安全、刑事司法等重大领域，而商业秘密只涉及与科研、生产、经营相关的技术信息和经营信息。
三、国家秘密的权利主体是国家并且只限于国家，而商业秘密的权利主体是权利人，这种权利人既可以是自然人，也可以是法人。
四、国家秘密的确定，必须由国家的权力部门和保密工作部门依照法定程序进行，而商业秘密的确定仅仅是权利人的个人行为。
五、国家秘密具有绝对的排他性和不可转让性。一个事项一旦被确定为国家秘密，只有国家才具有对其使用和处理的权利。而商业秘密的权利人有权向任何愿意得到该秘密的人进行转让。
《中华人民共和国保守国家秘密法》第二条
国家秘密是关系国家安全和利益，依照法定程序确定，在一定时间内只限一定范围的人员知悉的事项。
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